虽然精神分析理论已经发展成为一个很复杂的理论，但极少涉及音乐领域。一些理论家把这种对音乐的忽略称为潜意识的抵抗。这种抵抗可以追溯到弗洛伊德本人。他承认被音乐所感动，但他不知道到底音乐里的什么感动了他。这种对未知的恐惧感造成了他对音乐的抵抗。精神分析认为音乐语言与生活中的语言是不同的，它与其他有意义的表达方式在听觉上有相似之处，如它能模仿生活中的一些声响等等；同时，音乐具有象征意义，还能表达潜意识的内容，因为每个人的差异性，同一首音乐能够激发不同的潜意识内容，这就是为什么同一首舒缓的音乐能给人们带来温馨或悲伤的感受。精神分析认为艺术是起源于潜意识的驱力和渴望的转变过程的产物，本能的能量激活了这个转变过程。音乐被看成是一种对性渴望的满足方式。在创造音乐和聆听音乐时，人们能够得到性的满足。音乐的各种元素，如节奏，旋律，和声和曲式都有着特别的心理动力意义。
　　同时，音乐的结构也被看成是一种潜在希望的转变。精神分析理论认为音乐的结构类似于梦，它的明显意义是能够被理解和分析的，对于音乐的理解和分析的技巧也能用到对梦的解释中去。音乐是一种情感的语言，音Ⅱ向代表着人的需要和希望，人们在聆听音乐时实际是被音乐中的情感所吸引。音乐创造过程，也用到了与梦相似的象征本能的方法，如浓缩，置换，反转，省略等等。
　　音乐的这些功能对于音乐心理治疗来说非常有价值，我们发现音乐作为一种外部刺激物，能够引起心灵器官的不同反应。由于音乐的抽象性，它能绕过自我和理智的控制，直接与低级中枢相连，引起潜在的冲突，在音乐激发下进行情感表达。音乐的这种特性和功能被音乐治疗所利用，用来治疗孤独症患者。当音乐动力结构与情感动力结构相似时，音乐的改变会引起人的心情的改变。精神分析认为这种反应也可以理解为一种暂时的退行。其次，更多的近代理论认为音乐活动是一个自我的功能，想要完成支配，联合或防御各种压力。音乐是一种被自我启蒙的活动，自我用音乐活动来达到各种目标，如满足自己的需要，防御压力等等。我们可以用弗洛伊德的本我，自我，超我的理论来理解音乐的功能。本我音乐能刺激潜意识；自我音乐帮助人保持自我功能，强化现实的感觉，增加自我防御；超我音乐能激励灵魂，强化道德观。
　　通过精神分析的心理治疗方法能够帮助病人调整人格，它能让病人增强自省，解决内心的冲突，增强对自我的接受，更加有效的处理问题，增强自我的结构。那么音乐治疗怎样达到这些目标呢?W right和Pristly把精神分析理论融入音乐治疗中，成为“分析性音乐治疗”。
　　在治疗初期，他们通过音乐穿过意识的语言审查，与人的情感建立紧密的联系。在他们的理论中有种音乐即兴演奏治疗，病人通过敲击打击乐器来自由的表达情感，表现出内心的冲突，释放自己的压力和痛苦。Goldstein，Lingas．Sheafor在音乐治疗中用解释性和创造性的音乐活动作为工具，使病人的心理得到升华。Gerwirtz用音乐治疗来强化病人已经存在的心理防御机制，并发展出更好的防御机制来保持和恢复内心的平静。
　　弗洛伊德早期受唯物主义和自然科学理论的影响。他认为力比多是一种要释放的能量，通过释放力比多能带来和谐与体内平衡。弗洛伊德强调人的生物特征——基本驱动力和需要。在精神分析式音乐心理治疗中，我们能看到很多音乐不仅能表达人的驱力，更能满足人的驱力，比如给一些病人播放摇篮曲能够让他们感到安全温暖，感受到婴LBd,期被母亲抱在怀里呵护。
　　音乐能净化的内心驱动力的冲动，使其成为一种社会能接受的方式。如人们能够将自己的愤怒转化到演奏乐器来发泄，或将自己的某些欲望通过聆听音乐或各种音乐活动达到满足，比如舞蹈，演奏乐器等等。这样能避免发生一些由于愤怒造成的伤害别人的行为或违反社会法律准则的行为。通过升华，音乐提供了解决冲突的方式。同时，音乐还可以强化自我结构，增加自省。

弗洛伊德的理论运用到音乐治疗中能达到较好的效果，同时它也有局限性。比如过于强调力比多的作用的观点太过狭窄。人不仅为体内的平衡而奋斗，更为发展自身潜力，达到自我实现而奋斗。另外，他的理论中没有注意人与人之间的关系，人与社会的关系等等。音乐治疗从精神分析理论中吸收了丰富的营养，同时也结合其它的理论，如人本主义，存在主义，行为主义，超个人主义等其他心理治疗的理论来达到最好的疗效，为需要音乐治疗的朋友们服务。